Üniversitedeki nihai otorite, Üniversite Tüzüğünde belirtildiği gibi Rektör’dür. Rektör, görevlerini yerine getirirken Senato (akademik konular) ve Üniversite Yürütme Kurulu (idari konular) tarafından desteklenir.
Senato, Üniversitenin akademik konulardaki en yüksek akademik organıdır ve başkanlığını Rektör yapar. Senatonun diğer üyeleri arasında Rektör Yardımcıları, Fakülte Dekanları, Enstitü ve Okul Müdürleri, Akademik Bölüm Başkanları, Fakülte Üyelerinin seçilmiş Temsilcileri ve Öğrenci Temsilcileri bulunur.
1. Üniversitenin eğitim politikaları, araştırma ve yayın faaliyetleri ile ilgili akademik planları, programları; raporları görüşür ve önerir. Önerilen kararlarını Rektör aracılığıyla Yönetim Kurulunun onayına sunar;
2. Üniversite ile ilgili yönetmelikleri ve tüzükleri hazırlar ve onay için Mütevelli Heyeti’ne önerir;
3. Kalite standartlarını belirler ve eğitim programlarının kalitesini izler ve Akademik Takvimi belirler.
Rauf Denktaş Üniversitesi Kalite Konseyi, Rektör tarafından önerilen ve Senato tarafından onaylanan Üniversite Rektörü, Fakülte üyeleri ve İdari Birim temsilcilerinden oluşur. Konseyde öğrenciler de temsil edilir. Rauf Denktaş Üniversitesi Rektörü Konsey’e başkanlık eder. Konsey her ay düzenli oturumlar düzenler. Konsey, Üniversitenin stratejik planını hazırlar, Rauf Denktaş Üniversitesi’ndeki eğitim ve araştırmanın kalitesini ve düzeyini değerlendirir, Avrupa Yükseköğretim Standartları Rehberi (ESG) doğrultusunda iç ve dış kalite güvencesiyle ilgili görevleri yürütür, kalite yönetimi faaliyetlerine ilişkin olarak iç ve dış paydaşlarla etkileşimde bulunur, Üniversitenin performans göstergelerini izler, Üniversitede kalite standartlarının iyileştirilmesine ilişkin kılavuzlar geliştirir, dış kalite değerlendirmelerinde akademik ve idari birimler tarafından kurumsal ve personel akreditasyonlarında uygulanacak ilkeleri, kalite göstergelerini ve kuralları belirler ve onay için Senatoya sunar, stratejik planlama sürecini koordine eder, Üniversitede yapılan anketlere dayalı raporlar hazırlar, anketler ve anketlerin değerlendirme yöntemlerini geliştirir ve Üniversitenin dış akreditasyon süreçlerinden geçmesi durumunda Üniversiteye danışmanlık sağlar. Öğretim üyeleri ve idari birim temsilcilerinin görev süresi iki yıldır. Öğrenci temsilcileri Konseyde bir yıl görev yapar.